Найбільше перець піддається двом грибкових хворобам – вертицильозу і фузаріозу.
Вертицильоз (вертицильозне в’янення) – грибкове захворювання, в результаті якого листя перцю в денний час втрачає тургор і не може цілком відновити його вночі. Одночасно з цим на старих листочках куща з’являються не дуже яскраво виражені хлоротичні плями, з часом листові пластинки жовтіють і засихають. Хвороба повільно поширюється вгору по рослині.
Фузаріоз (фузаріозне в’янення) – інфекційне грибкове захворювання, що викликає в’янення листя рослин у денний час із подальшим тимчасовим відновленням вночі. Згодом листя поступово втрачає здатність до нічного відновлення. Судини всередині стебла рослини буріє. На листі (переважно нижньому) з’являються добре помітні хлоротичні плями. Згодом це листя засихає. На жаль, вилікувати ці хвороби на пізній стадії вже неможливо. Однак профілактика досить проста і включає в себе дотримання сівозміни, вирощування стійких проти хвороби сортів і гібридів, попереднє вибракування садивного матеріалу, щорічну дезінфекцію ґрунту, систематичне поління та розпушування.
