А всё очень просто. Микроволновое излучение проникает в органические материалы на глубину порядка 1-2 сантиметров, и непосредственно от микроволновки нагревается только эта часть разогреваемого продукта.
Прогрев всего остального происходит за счёт передачи тепла от внешних горячих областей к внутренним, более холодным.
Чтобы еда нагревалась более равномерно, попробуйте уменьшить мощность и увеличить время разогрева.
А ещё поможет использовать посуду с более тонкими стенками, причём лучше не пользоваться керамикой. Нет, использование керамики в микроволновке допускается (в отличие от металла), но резкий нагрев влияет на этот материал не самым лучшим образом: в частности, в нём возникают микротрещины, в которых может скапливаться вода, а вода тоже довольно активно отбирает на себя энергию микроволнового излучения.