Черешня уязвима к различным видам грибных, бактериальных и вирусных болезней.
Рациональная защита насаждений должна основываться на информации об экономическом пороге вредоносности болезни и регулярном обследовании садов. Впрочем, есть группа болезней, которые требуют профилактических обработок: коккомикоз, монилиоз, серебристость листьев, бактериальный рак.
Вирусные болезни нельзя побороть опрыскиванием, а, следовательно, зараженное дерево остается таким до конца жизни и является источником инфекции для здоровых деревьев. Для защиты от таких болезней наибольшее значение имеет профилактика. В ее основе — здоровый посадочный материал, а в случае проявления болезни в саду оттуда следует как можно быстрее устранить больные деревья, чтобы не допустить распространения инфекции с цветочной пыльцой.
К нехимическим способам борьбы с болезнями принадлежат правильные обрезки крон, правильное формирование, вырезание и устранение пораженных ветвей или даже целых деревьев, перенос обрезки черешни на послеуборочный период. Также во время обрезки ветвей надо оставлять сучки, а для различных участков сада применять индивидуальные программы защиты.
Эффективность химических опрыскиваний можно повысить с помощью некоторых, правильно подобранных листовых удобрений. Основанием для опрыскиваний против вредителей является рост их популяции.
Для определения уровня угрозы понадобятся регулярные обследования садов. К серьезным вредителям черешни относят вишневую муху и с недавних пор еще и восточную вишневую муху. В незащищенных садах они провоцируют стопроцентую потерю урожая.
Условием успешной борьбы с этими вредителями является вывешивание в саду клеевых ловушек для мониторинга лета самок — самое позднее в середине мая.