Больше всего перец подвержен двум грибковым болезням — вертициллезу и фузариозу.
Вертициллез (вертицилезное увядание) — грибковое заболевание, в результате которого листья перца в дневное время теряет тургор и не могут полностью восстановить его ночью. Одновременно с этим на старых листочках куста появляются не слишком ярко выраженные хлоротичные пятна, со временем листовые пластинки желтеют и засыхают. Болезнь медленно распространяется вверх по растению.
Фузариоз (фузариозное увядание) — инфекционное грибковое заболевание, вызывающее увядание листьев растений в дневное время с последующим временным восстановлением ночью. Впоследствии листья постепенно теряют способность к ночному восстановлению. Сосуды внутри стебля растения буреют. На листьях (преимущественно — нижних) появляются хлоротичные пятна, которые хорошо заметны. Впоследствии это листья засыхают. К сожалению, вылечить эти болезни на поздней стадии уже невозможно. Однако профилактика достаточно проста и включает в себя соблюдение севооборота, выращивание устойчивых против болезни сортов и гибридов, предварительную выбраковку посевного материала, ежегодную дезинфекцию почвы, систематическую прополку и рыхление.